垂直流超淨工作台和水平流超淨工作台有不同的效果。超淨工作台根據氣流的方向分為垂直流超淨工作台和水平流超淨工作台，垂直流工作台風機在頂部，噪音較大，風垂直吹多用在醫藥工程，垂直流風保證人的身體健康；水平流工作台噪音較小，風向往外，多用在電子行業。
1、水平層流超淨工作台：是一種通用性較強的局部潔淨工作台，它廣泛用於電子、國防、精密儀器、儀表、製藥行業等。
2、垂直層流超淨工作台：垂直單向流超淨工作台廣泛應用於需要局部潔淨的區域。實驗室、生物製藥、光電產業、微電子、硬盤製造等領域。
水平送風與垂直送風工作台都能滿足實驗需要，所要考慮的就是氣流流型（根據實驗看哪種送風形式對實驗影響最小）。
一般都是用垂直的；垂直送風的也就是垂直向下吹，垂直流形，準閉合式台麵，可有效防止外部合流透入及操作異味對人體的刺激。如果在工作台裏放顯微鏡,那垂直送風的氣流會被顯微鏡阻擋，這種情況就要選擇水平風；但一般的實驗都用垂直的，玻璃門一般都是上下移動的。
總的來說，水平與垂直送風不存在明顯的優劣之分，根據實驗要求選擇合適的類型。
超淨台使用壽命的長短與空氣的潔淨度有 。在溫帶地區超淨台可在一般實驗室使用，然而在熱帶或亞熱帶地區，由 大氣中含有 量的花粉，或多粉塵的地區，超淨台則宜放在較好的有雙道門的室內使用。
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